最近Nucleic Acids Research雜志在線發(fā)表了首個(gè)人類血液外泌體長(zhǎng)鏈RNA數(shù)據(jù)庫(kù)exoRBase（www.exoRBase.org），收錄了上萬(wàn)條環(huán)狀RNA（circRNA）、長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）和mRNA。該數(shù)據(jù)庫(kù)由復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院/腫瘤研究所（復(fù)旦腫瘤所）黃勝林課題組完成，這是該課題組繼2015年Cell Research首次報(bào)道環(huán)狀RNA富集于外泌體并存在于血液中的工作延續(xù)。

外泌體是近年的研究熱點(diǎn)，作為納米級(jí)別的小囊泡卻有強(qiáng)大的功能和應(yīng)用前景，特別是存在于體液中，是目前液體活檢關(guān)注的重要領(lǐng)域。外泌體是由活細(xì)胞分泌的，包裹著細(xì)胞來(lái)源的核酸和蛋白等活性分子，具有介導(dǎo)細(xì)胞間的通訊等作用，由于攜帶了反映來(lái)源細(xì)胞的特異性信息，是理想的生物標(biāo)志物。長(zhǎng)鏈RNA包括mRNA、lncRNA和circRNA等，這些RNA數(shù)量多且存在很多組織細(xì)胞特異表達(dá)信息，以往認(rèn)為它們主要在細(xì)胞內(nèi)，不會(huì)存在于體液中（體液中存在很多RNA酶），近年發(fā)現(xiàn)它們可能被外泌體包裹釋放到體液中，可作為外泌體RNA在疾病中的診斷標(biāo)志物或功能靶點(diǎn)。與以往研究較多的miRNA相比，長(zhǎng)鏈RNA數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于miRNA（血液miRNA不足1000個(gè)），而且可能攜帶來(lái)源細(xì)胞的特異性信息，對(duì)外泌體長(zhǎng)鏈RNA的研究正越來(lái)越受關(guān)注。黃勝林課題組在前期基礎(chǔ)上，改進(jìn)并完善了血液外泌體長(zhǎng)鏈RNA的高通量測(cè)序方法，通過(guò)對(duì)正常人和不同疾病外泌體RNA的測(cè)序分析，發(fā)現(xiàn)血液外泌體存在著幾萬(wàn)條的環(huán)狀RNA、長(zhǎng)鏈非編碼RNA和mRNA。exoRBase正是基于這些分析基礎(chǔ)上建立，旨在收錄正常人和不同疾病患者血液外泌體里所有的長(zhǎng)鏈RNA信息及其表達(dá)特征。

exoRBase建立了一套針對(duì)外泌體RNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析的標(biāo)準(zhǔn)流程，對(duì)環(huán)狀RNA進(jìn)行了預(yù)測(cè)和注釋分析，同時(shí)比對(duì)和定量了lncRNA和mRNA表達(dá)情況。為確定血液外泌體RNA的組織來(lái)源，作者基于GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)的30個(gè)不同組織的RNA測(cè)序表達(dá)數(shù)據(jù)，計(jì)算了每一個(gè)lncRNA和mRNA的組織特異性得分，針對(duì)外泌體與其關(guān)聯(lián)組織進(jìn)行血液外泌體RNA來(lái)源的推測(cè)。數(shù)據(jù)庫(kù)可從多種角度（基因名、染色體定位、circRNA關(guān)聯(lián)基因等）進(jìn)行檢索，并找到具有不同特性的外泌體RNA，及其組織特異性、疾病關(guān)聯(lián)性和表達(dá)情況。目前數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的樣本包括32例正常人和少量疾病患者的數(shù)據(jù)，共記錄了58 330 circRNAs，15 501 lncRNAs和18 333 mRNAs。exoRBase將為外泌體長(zhǎng)鏈RNA研究和液體診斷提供有力的信息平臺(tái)和靶點(diǎn)。

該數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)RNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析主要是基于烈冰科技的NovelBrain^?云平臺(tái)(www.novelbrain.com)。烈冰科技獨(dú)立開發(fā)的基因大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)（NovelBrain^?）擁有強(qiáng)大的高性能計(jì)算能力、完善的樣本及大數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，同時(shí)具備深度挖掘能力，并支持定制化分析模塊自主上線。（生物谷 bioon.com）