為了確保單細(xì)胞RNA測序能夠使用最好的方法，日前研究人員對13種方法進(jìn)行了基準(zhǔn)性的測試，一項(xiàng)刊登在國際雜志Nature Biotechnology上的研究報(bào)告中，來自西班牙的科學(xué)家們通過研究發(fā)現(xiàn)，日本理化所開發(fā)的Quartz-seq2方法或許是進(jìn)行單細(xì)胞RNA測序的最佳手段。

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此前，用于基因組分析的方法缺乏一定的基準(zhǔn)，這就會在后來的分析過程中產(chǎn)生許多問題，由于使用不同方法的研究小組有著不同的標(biāo)準(zhǔn)，因此其所得到的結(jié)果也不盡相同；基于這一點(diǎn)，許多從事單細(xì)胞RNA分析的研究人員聯(lián)合起來評估不同的手段，從而篩選出具有良好可重復(fù)性的方法。

單細(xì)胞RNA測序被視為基因組研究中下一個重大的計(jì)劃，最初，以人類基因組計(jì)劃為例的基因組研究試圖確定在任何有機(jī)體所有細(xì)胞中所發(fā)現(xiàn)的DNA序列，但讓事情變得復(fù)雜的是，有機(jī)體的細(xì)胞共享著相同的DNA代碼，實(shí)際上，這些細(xì)胞在表型上是不同的，因?yàn)榛?a class="channel_keylink" target="_blank" href="http://news.世聯(lián)博研Bioexcellence/epigenetic/" style="box-sizing: border-box; background-color: transparent; color: rgb(35, 35, 35); text-decoration-line: none; transition: all 0.2s ease 0s;">表觀遺傳學(xué)因素，不同的基因會表達(dá)或不進(jìn)行表達(dá)。而且啟動子和增強(qiáng)子的遺傳區(qū)域在表達(dá)上也存在巨大差異，其并不直接編碼蛋白，但卻會對其它遺傳區(qū)域產(chǎn)生影響。因此，理解單個細(xì)胞的遺傳組成或許有望幫助研究者確定單個細(xì)胞在諸如癌癥等疾病中是如何表現(xiàn)出差異的，以及其在發(fā)育過程中改變的機(jī)制，目前正在參與人類細(xì)胞圖譜繪制的科學(xué)家們就正在開發(fā)一種針對不同細(xì)胞類型的全面基因表達(dá)圖譜。

為了進(jìn)行比較，研究人員使用了13種方法來分析由將近3000個細(xì)胞組成的集合，這些細(xì)胞滿足以下四種條件，即包括多種細(xì)胞類型；有些細(xì)胞非常相似；其在基因表達(dá)上僅有細(xì)微的差異；同時細(xì)胞能夠被標(biāo)記進(jìn)行追蹤，而且其都來自不同的物種，這些細(xì)胞主要是人類外周血細(xì)胞和小鼠結(jié)腸細(xì)胞，同時還包括一部分狗機(jī)體細(xì)胞。

研究者根據(jù)能夠檢測到細(xì)胞狀況和標(biāo)志物表達(dá)的精確性來評估上述方法，文章中，研究人員使用六種關(guān)鍵指標(biāo)來評估上述方法，即基因檢測、轉(zhuǎn)錄特征表達(dá)的總體水平、簇的準(zhǔn)確性、分類概率、整合后的簇準(zhǔn)確性及可混合性；選擇這些指標(biāo)是為了比較不同方法的準(zhǔn)確性、對不同細(xì)胞類型的適用性、區(qū)分密切相關(guān)細(xì)胞類型的能力、生成可重復(fù)概況的能力、檢測群體標(biāo)記的能力、與其它方法的兼容性，以及對細(xì)胞圖譜繪制具有良好的預(yù)測價值等。

研究者發(fā)現(xiàn)，由日本理化所所開發(fā)的Quartz-seq2方法具有較高的準(zhǔn)確性，且在基準(zhǔn)測試中得分最高；總體而言這種方法是目前最佳的手段，后期研究人員還將進(jìn)一步對其進(jìn)行改進(jìn)，從而使其能夠在人類圖譜繪制計(jì)劃中表現(xiàn)更好。最后研究者Heyn說道，這種方法展現(xiàn)出了深遠(yuǎn)的性能測試差異，我們希望后期能通過更為深入的研究來幫助開發(fā)新方法，為人類細(xì)胞圖譜和更廣泛的單細(xì)胞群體制定較高質(zhì)量的數(shù)據(jù)集標(biāo)準(zhǔn)和指南等。（生物谷世聯(lián)博研Bioexcellence）

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