近日，國(guó)際知名期刊《Nature Communications》在線發(fā)表了上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院俞章盛團(tuán)隊(duì)的研究成果“GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profi

近日，國(guó)際知名期刊《Nature Communications》在線發(fā)表了上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院俞章盛團(tuán)隊(duì)的研究成果“GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles”。俞章盛教授為通訊作者，生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院博士生法博濤為第一作者。

區(qū)別于傳統(tǒng)組織水平的轉(zhuǎn)錄組分析，單細(xì)胞分析技術(shù)極大地提高了生命醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究精度，可以幫助科研人員從細(xì)胞水平對(duì)生物體的發(fā)育及疾病進(jìn)展深入探索。目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析流程已經(jīng)比較成熟，能夠較好的發(fā)現(xiàn)其中主要的細(xì)胞類(lèi)型并進(jìn)行后續(xù)標(biāo)志物的篩選。但是對(duì)于組織中數(shù)量較小的稀有細(xì)胞類(lèi)型比如干細(xì)胞等，常規(guī)分析流程無(wú)法做到準(zhǔn)確識(shí)別以及后續(xù)分析。為此，團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一款全新的方法GapClust來(lái)實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中稀有細(xì)胞類(lèi)型的準(zhǔn)確識(shí)別。

該方法基于稀有細(xì)胞群體與周?chē)?xì)胞類(lèi)群之間存在的相對(duì)較大距離（Gap）所引發(fā)的稀有細(xì)胞群體與周?chē)徏?xì)胞距離的驟然變化設(shè)計(jì)二階導(dǎo)導(dǎo)數(shù)類(lèi)似統(tǒng)計(jì)量來(lái)捕捉稀有細(xì)胞群體。多個(gè)模擬實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明GapClust方法相比于已有方法在準(zhǔn)確性、敏感性以及計(jì)算效率等方面有了顯著提升。因此，該方法可以作為探索復(fù)雜疾病組織中稀有細(xì)胞群體的有力工具。(生物谷世聯(lián)博研Bioexcellence）

小編推薦會(huì)議 2021 （第四屆）單細(xì)胞多組學(xué)研究與臨床應(yīng)用峰會(huì)

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